Flora cormofitelor este extrem de bogata, fiind semnalate peste 1.100 specii de plante superioare. Endemite specifice masivului sunt: Lychnis nivalis, Festuca versicolor ssp. dominii, Minuartia verna ssp. oxypetala etc. Alte endemite carpatine intalnite si în Muntii Rodnei sunt: Centaurea carpatica ssp. carpatica, Centaurea pinnatifida, Dianthus tenuifolius, Papaver alpinum ssp. corona-sancti-stephani, Poa granitica ssp. disparilis, Poa rehmannii, Festuca nitida ssp. flaccida, Trisetum macrotrichum, Heracleum carpaticum, talpa-ursului (Heracleum palmatum) etc.
   Din categoria speciilor rare, amintim: Salix alpina, Salix bicolor, Astragalus penduliflorus, Androsace obtusifolia, Laserpitium archangelica, Conioselinum tataricum, Carex bicolor, Carex lachenalii, Carex pediformis ssp. rhizodes, Kobresia simpliciuscula, Juncus castaneus, Draba fladnitzensis.
In locuri mlastinoase vegeteaza si cateva specii relicte glaciare cum sunt: Scheuchzeria palustris, Carex limosa, Carex magellanica ssp. irrigua, Carex pauciflora, Carex chordorrhiza, Empetrum nigrum, Salix bicolor. De asemenea, in perimetrul parcului se intalnesc si specii ocrotite prin lege: floarea de colt (Leontopodium alpinum), ghintura galbena (Gentiana lutea), Gentiana punctata, angelica (Angelica archangelica), sangele-voinicului (Nigritella rubra), tisa (Taxus baccata) etc.